巨大分子の超並列分子動力学法シミュレーションに関する研究

林亮子[著]

[目次]

  • 要旨
  • 目次 / p1
  • 1 緒言 / p1
  • 1.1 本研究の背景 / p1
  • 1.2 本研究の目的 / p3
  • 1.3 本論文の構成 / p5
  • 2 分子動力学法シミュレーション / p7
  • 2.1 はじめに / p7
  • 2.2 分子動力学法の概要 / p8
  • 2.3 シミュレーション結果を表す物理量 / p21
  • 2.4 シミュレーション結果の可視化手法 / p26
  • 2.5 分子動力学法の並列化手法 / p37
  • 2.6 まとめ / p41
  • 3 ドメイン分割法を用いた分子動力学法の並列シミュレーション / p43
  • 3.1 はじめに / p43
  • 3.2 3次元シミュレーションにおけるドメイン分割法 / p46
  • 3.3 ドメイン分割法のシミュレーション実行時間の理論解析 / p50
  • 3.4 メッセージ通信型計算機上の最適ドメイン形状 / p60
  • 3.5 まとめ / p74
  • 4 動的負荷分散を考慮した分子動力学法の並列シミュレーション / p76
  • 4.1 はじめに / p76
  • 4.2 動的負荷分散法 / p78
  • 4.3 動的負荷分散法の性能評価 / p84
  • 4.4 計算負荷の平均化効率と計算負荷集中の大きさとの関係 / p92
  • 4.5 まとめ / p99
  • 5 分子動力学法による直鎖高分子の並列シミュレーション / p101
  • 5.1 はじめに / p101
  • 5.2 直鎖分子モデル / p102
  • 5.3 並列化手法 / p105
  • 5.4 ドメイン分割法と分子分割法の並列化性能 / p112
  • 5.5 鎖片割り当てドメイン分割法の並列化性能 / p117
  • 5.6 まとめ / p126
  • 6 結言 / p127
  • 6.1 本論文のまとめ / p127
  • 6.2 今後の課題 / p130
  • 謝辞 / p131
  • 本研究に関する発表論文 / p137

「国立国会図書館デジタルコレクション」より

この本の情報

書名 巨大分子の超並列分子動力学法シミュレーションに関する研究
著作者等 林 亮子
書名ヨミ キョダイ ブンシ ノ チョウヘイレツ ブンシ ドウリキガクホウ シミュレーション ニ カンスル ケンキュウ
出版元 林亮子
刊行年月 1998.2
ページ数 vii,138枚
大きさ 30cm
NCID BA38630901
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言語 日本語
出版国 日本
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